Les infections bactériennes soupçonnées d’augmenter la mortalité des patients
Ce risque d’infection secondaire avait été soulevé dès le début de la pandémie. En mai 2020, des chercheurs anglais avaient écrit à la revue The Lancet Microbe une mise en garde en ce sens, rappelant que ces infections bactériennes avaient été une des causes de la haute mortalité de la grippe espagnole (selon une étude de 2009). Des études publiées en 2021 ont montré que les infections bactériennes des patients atteints de Covid étaient principalement acquises après l’hospitalisation, notamment après l’intubation avec respirateur artificiel. Et que les patients souffrant de ces infections nosocomiales avaient un risque accru de décès. Une étude publiée le 23 mai 2023 dans la revue Cell Research montre que ces infections nosocomiales en réanimation sont encore fréquentes, même avec la souche Omicron du coronavirus, augmentant la mortalité de ces patients.
Cependant, il ne s’agissait pour le moment que de corrélations entre ces infections bactériennes et une plus grande mortalité des patients atteints du Covid. Pour élucider le rôle de ces infections, des chercheurs de l’University Northwestern aux États-Unis ont conçu une intelligence artificielle pour analyser plus précisément l’impact de ces infections nosocomiales sur la santé des patients atteints de Covid. Leurs résultats ont été publiés le 27 avril 2023 dans le Journal of Clinical Investigations.
Une intelligence artificielle éclaire l’impact de ces infections nosocomiales
Cette intelligence artificielle, nommée CarpeDiem, a analysé les données cliniques journalières de 585 patients en réanimation à cause d’un problème respiratoire, dont 190 patients atteints de Covid, admis entre juin 2018 et mars 2022 à l’hôpital de cette université à Chicago. L’état de santé à l’admission en réanimation était similaire entre les patients atteints de Covid et ceux admis pour d’autres problèmes respiratoires nécessitant un respirateur. Cependant, les patients passaient deux fois plus de temps en réanimation que les autres.
Selon l’analyse de CarpeDiem, cette durée de séjour rallongée était causée par des problèmes respiratoires plus prolongés, et pas par des défaillances d’autres organes. Des problèmes respiratoires liés à des infections bactériennes survenues après l’intubation avec le respirateur artificiel, plus fréquentes chez les patients atteints de Covid que chez les autres (57% des patients covid en réanimation, contre 25% pour les autres malades). Les patients avaient aussi une plus grande probabilité de présenter plusieurs de ces infections bactériennes durant leur séjour en réanimation (c’était le cas pour un patient atteint de Covid sur cinq, contre un sur 30 pour les autres).
CarpeDiem a montré aussi que ces infections nosocomiales étaient bien la cause des complications respiratoires observées chez les patients et leur mortalité accrue. Les patients chez qui on parvenait à contrôler ces infections présentaient un risque beaucoup plus bas de décès (17% contre 76% pour les patients avec des infections non soignées). Les auteurs proposent qu’une analyse plus poussée des infections bactériennes en réanimation, afin de reconnaître le pathogène en cause et utiliser l’antibiotique adéquat, pourrait diminuer de façon significative la mortalité des patients atteints de Covid-19.
